Lịch sử cá hề được xác định dựa trên đặc tính hình thái, hoa văn màu sắc trên cơ thể, trong khi trong phòng thí nghiệm còn có những đặc tính khác như: Vảy của con đầu đàn, hình dạng răng và tỷ lệ cơ thể. Những đặc tính này được sử dụng để phân các loài thành sáu phức hệ: clownfish, tomato, skunk, clarkii, saddleback và maroon.[2]

Người ta nghĩ rằng hỗ sinh bắt buộc là sự đổi mới quan trọng cho phép cá hề tỏa nhiệt nhanh chóng, với những thay đổi hình thái hội tụ tương quan với các hệ sinh thái do vật chủ hải quỳ cung cấp.[29] Có hai nhóm tiến hóa với các cá thể của hai loài được phát hiện trong cả hai, do đó hai loài thiếu đơn ngành thuận nghịch. Không có Haplotype được chia sẻ giữa các loài.[30]